Desde la llegada de los primeros conquistadores a Pamplona como Ambrosio Alfinger, comenzaron las famosas «Pacificaciones», que buscaban reducir a los grupos indígenas a doctrinas cristianas y, de ese modo, liberar el territorio de su presencia. Estas comunidades nativas eran cazadoras-recolectoras, lo que significaba que disponían de inmensas selvas para cazar y recolectar los frutos de la tierra. Por ello, estaban preparadas para defender su territorio con lanzas, arcos y flechas envenenadas, lo que dificultó la conquista y la posterior colonización occidental.
En el territorio entre la Provincia de Pamplona y el Lago de Maracaibo, había varios grupos indígenas que dominaban el territorio, entre ellos los Motilones, que retuvieron el control de las orillas del río Zulia durante más de cincuenta años después de la conquista. Estos fueron reducidos gradualmente y llevados a varios lugares para ser adoctrinados, incluida la ciudad de Trujillo de Barinas.
Debido a estas pacificaciones, para 1627 los encomenderos Cristóbal de Araque Ponce de León y Juan de Araque ya navegaban libremente el río Zulia. Sin embargo, para 1630, había un grupo aproximado de 15 indios Quiriquires en las desembocaduras del Lago de Maracaibo que se rebelaron contra la doctrina cristiana y controlaban la entrada al Lago de Maracaibo. Por esto, se organizó otra expedición para someterlos; según el lenguaje de los españoles, los indios «hacían la guerra», de ahí el término «Pacificación». En este caso, el objetivo era liberar el río Zulia de su presencia y así conectar la Provincia de Pamplona con el Gobierno de El Espíritu Santo de la Grita y el Puerto de Gibraltar en el Lago de Maracaibo, ya que para entonces la producción de cacao en Maracaibo era abundante y ya se exportaba a Europa.
El río Zulia era la ruta por la cual se transportaban en canoas y balsas bienes provenientes de Europa, como ropa de Castilla y vino, y otros productos como hierro, sal, aceite, acero y jabón también circulaban por este corredor fluvial. Asimismo, la producción de harina, azúcar, tabaco y bizcochos de la Provincia de Pamplona, La Grita y la Villa de San Cristóbal se llevaba a Maracaibo para las ferias anuales que se celebraban en la plaza de esta ciudad.
Liberar el río Zulia favorecería el inicio del cultivo de cacao en el valle de Cúcuta, gracias al clima y las tierras fértiles. El cacao se plantaba a lo largo de las riberas para el suministro de agua. Los colonos, con su mirada rentista, veían en este entorno del valle de Cúcuta un lugar favorable para la creación de haciendas de cacao, apoyadas en el trabajo esclavo traído de África.